Kategoriarkiv: DNA-teknik

Alla släkt med alla?

Ibland kan man få en känsla av att alla i ett begränsat område får DNA-match med alla andra. Detta kan ställa till problem när man vill  testa om ett släktskap stämmer; det blir svårt att skilja intressanta matcher från ointressanta. Det blir svårt att veta vad man egentligen ser.

Jag försöker just nu bekräfta eller avfärda ett släktskap från Byskeområdet och för att få ett bättre underlag för bedömning ville jag uppskatta förekomsten av  “slumpmatcher” eller “falskmatcher”. Hur stor risk är det egentligen att en person med rötter i området mellan Skellefteå och Piteå får match med en annan person vilken som helst utan att det finns någon särskild misstanke om släktskap?

Helt ovetenskapligt frågade jag därför i Facebookgrupper efter Gedmatchnummer till personer med huvudsakliga rötter i området. Jag fick in en uppsättning som jag nu jämfört på Gedmatch.

Så här ser parvis totalt gemensamt autosomalt DNA och X-DNA ut i gruppen om 10 personer från området på Gedmatch. Först med tröskel 7 cM / 700 SNP:

Aut. DNA, Total Shared cM, 7 cM / 700 SNP

X-DNA, Total Shared cM, 7 cM / 700 SNP

Därefter med lite lägre tröskel, 5 cM / 500 SNP:

Aut. DNA, Total Shared cM, 5 cM / 500 SNP

X-DNA, Total Shared cM, 5 cM / 500 SNP

Slutsats

De flesta med rötter i området Skellefteå – Piteå har tydlig autosomal DNA-koppling till varandra. 67 % (2 av 3) i min slumpmässiga grupp har koppling som klarar 7 cM tröskeln och 82 % (5 av 6) klarar 5 cM-tröskeln.

X-match är inte lika vanlig men ungefär 15 % (1 koppling av 6) har X-DNA som klarar tröskeln 7 cM och 35 % (1 koppling av 3) har X-DNA som klarar tröskeln 5 cM.

Gruppens sammansättning kan diskuteras men tendensen är klar. Merparten matchar varandra på autosomalt test och en hel del har X-match.

Jakob Norstedt

Opålitliga markörer – nära släkting på faderslinjen syns inte i Y37-listan

Du kan ha nära släktingar som borde synas men inte finns med i din matchlista trots att släktskapet stämmer.

Jag har ett exempel med två kit B (kitno 306658) och D (kitno 324479). B är tremännings barn till D (2C 1R). Se mitt blogginlägg från 2014 Att säkra min härstamning från Höijen.

När jag gjorde Y37-test på dem trodde jag att det skulle bli match men så blev det inte. De syns inte i varandras matchlistor; de har genetic distance = 7 men gränsen för att synas är fyra. Nu har jag uppgraderat till Y111 och då blir genetic distance = 8 och eftersom gränsen nu är tio är de synliga för varandra. Endast en skiljande markör har tillkommit på markör 38 till 111.

Så här ser Y37-markörerna ut för B (överst) och D:

Y37 – 37 markörer

Sex markörer skiljer och enligt FamilyTreeDNAs sätt att räkna blir det genetic distance = 7.

Så här ser resterande markörer ut upp till Y111:

Y111 – markörer utom Y37

Av dessa 74 markörer är det bara en som skiljer. Detta är ett helt OK resultat, det är snarast så att det är ovanligt få avvikelser på dessa 74 markörer. Eftersom det egentligen inte finns någon anledning att betvivla släktskapet känner jag mig nu rätt övertygad om att det verkligen stämmer enligt böckerna.

Slutsatsen blir att man ska vara försiktig med att helt avfärda släktskap bara för att det inte finns med i Y37-matchlistan. Det handlar hela tiden om slumpen och STR-markörer är nyckfulla.

Jakob Norstedt

Genney 2.0 har kommit med DNA-stöd

Nu har det svenska släktforskningsprogrammet Genney kommit i verson 2. En av nyheterna är DNA-stöd.

Första steget är att registrera testerna. Det kan se ut så här:

DNA-prov

I de fall två personer har testats och fått samma resultat registrerar man det lämpligen som ett prov och beskriver i kommentaren hur testningen gått till. De är ju ömsesidigt beroende av varandra, bekräftar varandra.

Första raden i bilden ovan är mitt eget prov som bekräftas av en testad sjumänning.

Jag går till min personpost i programmet och väljer in mitt DNA-test för mig:

DNA Jakob

Det DNA-prov jag lägger in på mig kan fortplanta sig till alla mina förfäder och deras ättlingar, personer som bör ha samma haplogrupp som jag. Men jag kan ju vara osäker på vissa länkar och vilja sätta stopp. Därför får jag när jag satt min egen haplogrupp upp en lista där jag kan bocka för hur långt bort jag vill att haplogruppen ska gälla.

DNA-träd för Jakob

Mitt resultat bekräftas ju av ett test på en sjumänning. Han finns med i denna lista och får därmed automatiskt samma haplogrupp som jag. Eftersom jag vet att både hans och min haplogrupp stämmer så sätter jag lås på oss.

Lås DNA-prov

Om personen har ett DNA-lås så kan inget annat testresultat på en annan person skriva över detta.

Eftersom jag vet att min och min sjumännings DNA stämmer helt överens så är vår gemensamma ana, Christoffer Larsson Norstedt född 1672, bekräftad. Därför sätter jag lås på honom också.

Min anfader är låst

Nu finns haplogruppen inlagd på min anfader och hans ättlingar. Den lilla gröna pricken visar att det finns Y-DNA.

Christoffers ättlingar

På samma sätt lägger jag in mtDNA på testade personer och får det att sprida sig till mina anor. Den lila pricken betyder att det finns mtDNA.

mtDNA

Om det blir konflikt mellan två testade så kan man alltså styra vad man betraktar som säkert genom att sätta lås på lämpliga ställen.

Det är kul med DNA-funktionen och jag kommer att ha stor nytta av den för att hålla ordning på alla mina tester. Jag uppskattar hur resultaten sprider sig till anor och ättlingar, det är ju så jag vill ha det. Fortfarande är det ganska mycket manuell hantering men det är nog svårt att komma ifrån eftersom man vill ha full kontroll över vad resultaten egentligen betyder.

Det finns en del som borde göras när det gäller hur resultatet presenteras på skärmen och i rapporter. Man skulle t.ex. vilja kunna se på en avlägsen ana vilken nutida testad person som den egentligen fått sin haplogrupp från. Men det kan ju införas i kommande versioner.

Här hittar du Genney: http://www.genney.se